Sovyetler Birliği'nin dağılmasının ardından Çeçen halkının bağımsızlık mücadelesi başladı ve Yandarbiyev bu sürecin en önemli figürlerinden biri oldu. 1989’da Bart teşkilatını kurarak Çeçen bağımsızlık hareketinin temellerini attı. 1990’da Vaynakh Demokratik Partisi’ni kurarak siyasi arenada daha etkin bir rol üstlendi ve Çeçenistan’ın bağımsızlığı için çalışmalarını sürdürdü.
1991 seçimlerinde milletvekili seçilen Yandarbiyev, 1993 yılında Cumhurbaşkanı Yardımcısı olarak görevlendirildi. Çeçen-İçkeriya Cumhuriyeti'nin ilk Cumhurbaşkanı Cevher Dudayev’in 1996’da şehit edilmesi üzerine anayasa gereği devlet başkanlığı görevini devraldı. Görev süresi boyunca Çeçen direnişini diplomatik kanallarda da sürdüren Yandarbiyev, Çeçenistan’ın bağımsızlığını uluslararası arenada savunmaya devam etti.
Rusya ile yapılan barış görüşmelerinde sergilediği duruş, onun siyasi zekâsını ve diplomatik yeteneklerini ortaya koydu. 28 Mayıs 1996’da Moskova’da Boris Yeltsin ile yapılan müzakerelerde, Çeçen halkının haklarını savunmak adına kararlı bir tavır sergiledi. Yeltsin’e eşit şartlarda görüşme yapılması gerektiğini hatırlatarak diplomatik zafer elde etti.
Yandarbiyev, Çeçen direnişinin askeri ve siyasi kanadında aktif rol aldı. Birinci Çeçen Savaşı’nda direnişçilerle birlikte cephede savaşarak, Grozni’nin savunmasını yönetti. 1996’da yapılan barış anlaşması sonrası Aslan Mashadov’un Cumhurbaşkanı seçilmesiyle, muhalefet saflarına geçti ve Çeçenistan’daki İslamcı hareketleri desteklemeye başladı.
1999’da başlayan İkinci Çeçen Savaşı sırasında İslam dünyasında destek bulmak adına çeşitli diplomatik temaslar gerçekleştirdi. Bu süreçte Türkiye, Birleşik Arap Emirlikleri ve diğer Müslüman ülkelerde Çeçen halkının yaşadığı zulmü anlatan konferanslar verdi. Aynı zamanda Taliban ile görüşerek Çeçenistan’ın bağımsızlığını tanıtma girişimlerinde bulundu.
Yandarbiyev, uluslararası arenada Rusya tarafından terörle ilişkilendirilmeye çalışıldı. 2001 yılında Interpol tarafından arananlar listesine alındı. 2003’te BM Güvenlik Konseyi tarafından Taliban ve El Kaide’ye destek verdiği iddiasıyla yaptırımlara maruz bırakıldı. Ancak tüm bu baskılara rağmen mücadelesini sürdürdü ve Katar’da yaşamaya başladı.
Sürgünde olmasına rağmen Çeçen direnişi için çalışmalarını bırakmayan Yandarbiyev, Katar’da ikamet ettiği dönemde de Çeçen davasını anlatmaya devam etti. Katar Emiri tarafından özel olarak misafir edilen Yandarbiyev, burada siyasi faaliyetlerini sürdürdü. Ancak Rusya’nın sürekli baskıları sonucu hedef haline geldi.
13 Şubat 2004 tarihinde Katar’ın başkenti Doha’da uğradığı suikast sonucu hayatını kaybetti. Cuma namazından dönerken arabasına yerleştirilen bombanın infilak etmesi sonucu şehit oldu. Patlama sırasında 13 yaşındaki oğlu ağır yaralandı ve yanında bulunan korumaları da saldırıdan etkilendi.
Katar güvenlik güçleri, suikastı gerçekleştirenlerin Rus istihbaratına bağlı kişiler olduğunu tespit etti. Anatoli Belaşkov ve Vasiliy Bogaçev adlı Rus ajanları, saldırıyı düzenledikleri gerekçesiyle tutuklandı. Katar mahkemesi tarafından müebbet hapis cezasına çarptırıldılar, ancak kısa süre içinde Rusya ile yapılan anlaşma sonucu ülkelerine iade edildiler.
Rus ajanlarının ülkeye dönüşlerinde askeri törenle karşılanmaları, suikastın Rusya tarafından organize edildiğini kanıtlar nitelikteydi. Bu durum, Çeçen direnişine karşı uygulanan politik suikastların bir örneği olarak tarihe geçti. Rusya, Çeçen liderlerini tasfiye etme politikasını sürdürdü ve Yandarbiyev’in ölümü, bu stratejinin bir parçası olarak görüldü.
Zelimhan Yandarbiyev, Çeçen halkı için bir direniş sembolü olarak anılmaya devam ediyor. Onun siyasi ve askeri mücadelesi, Çeçen halkının bağımsızlık yolundaki azmini simgeliyor. Şehadeti, sadece Çeçenistan’da değil, dünya genelinde bağımsızlık mücadelesi veren halklar için de bir ilham kaynağı olmaya devam ediyor.